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A organização das referências é feita através da criação de grupos.
Todas as referências de uma library ficam sempre em All My References.
A criação de grupos não as desloca nem as duplica, simplesmente cria uma vista diferente (portanto, ao apagar um grupo, não se eliminam as suas referências da library, estas apenas podem ser eliminadas a partir da pasta All My References).
Pode dar-se também o caso de se inserir referências duplicadas, mas o EndNote auxilia na sua identificação.
O EndNote Online permite a criação de grupos e a partilha dos mesmos com outros utilizadores (saber mais sobre Partilhar referências).
Para criar um grupo:
Para verificar se tem referências repetidas na sua library, aceda a:
O EndNote faz a comparação entre alguns campos dos registos (nomeadamente os campos "Autor" e "Título") e identifica os que se repetem.
Para adicionar uma ou mais referências a um grupo: